Entre el 19 y el 21 de Octubre se realizó Third Global Invertebrate Genomics Alliance Research Conference and Workshop (GIGA III), en el Hilton Hotel de Curacao en las Antillas Holandesas. Desde nuestra facultad expuso el Dr. Felipe Aguilar, académico del Departamento de Bioquímica y Biología Molecular.

El evento correspondió a la tercera reunión de una red colaborativa de investigadores que buscan secuenciar y decodificar genomas de invertebrados, principalmente invertebrado marinos. La red de investigadores se llama Global Invertebrate Genomics Alliance (GIGA). Esta red colaborativa busca reunir a investigadores que de todas partes del mundo que estudian genómica de animales, principalmente invertebrados. El objetivo de GIGA es promover buenas prácticas para facilitar la transferencia de datos y resultados genómicos, la estandarización deaproximaciones de genómica comparativa y fortalecer colaboración esentre sus miembros.

El evento tuvo dos componentes, el primero una serie de workshops enfocados a estudiantes con interés en genómica. En dichos cursos los estudiantes fueron capaces de aprender sobre herramientas bioinformáticas para el ensamblaje y anotación de genomas, así como también para el estudio de comunidades bacterianos usando metagenómica. El segundo componente estuvo relacionado a presentaciones de investigadores de todo el mundo que estén trabajando con genomas, genómica y transcriptómica aplicada a invertebrados, principalmente especies marinas. Alrededor de 100 personas participaron, los cuales eran de lugares tan diversos como el Caribe, Estados Unidos, Europa hasta incluso Japón. Latinoamérica estuvo representada por investigadores brasileños, siendo el Dr. Aguilera el único investigador de Chile.

El trabajo presentado por el Dr. Aguilera lleva por título: “The genome of Lepidodermella squamata (Dujardin 1841) and the evolution of developmental gene pathways in Spiralia”, en el cual mostró los resultados del ensamblaje y anotación del genoma de Lepidodermella squamata (Gastrotricha) – el primer gastrotrico con un genoma secuenciado.

Los gastrotricos son un grupo de animales marinos microscópicos que habitan en ambientes dulceacuílocas y marinos. Estos animales se encuentran un una posición filogenética privilegiada a lo largo del árbol evolutivo de los animales y poseen características especiales que los hacen un buen modelo para el estudio de tipos celulares y mecanismos de reproducción. Por ejemplo, estos animales son desarrolladores directos, lo que quiere decir que sus crías se incuban con el aspecto de una versión en miniatura de sus padres adultos. Además, estos animales carecen de un sistema circulatorio y tienen diferentes mecanismos de reproducción, tales como dioicos, hermafroditas y partenogenéticos. Lo último esta asociado al concepto de Partenogénesis, el cual es una forma natural de reproducción asexual en donde el crecimiento y desarrollo de los embriones ocurre sin el proceso de fertilización. Interesantemente, Lepidodermella squamata es una de las especies partenogenéticas del grupo Gastrotricha.

En la presentación el investigador mostró la estrategia de secuenciación, ensamblaje y anotación del genoma de este animal microscópico y resultados preliminares sobre el contenido de genes presente en el genoma. En combinación con genomas de otros animales marinos con genomas secuenciados y disponible en base de datos, aplicó aproximaciones de genómica comparativa, enfocándose en factores de transcripción y genes asociados con la reproducción. Estos genes fueron analizados en detalle, lo que le permitió elucidar que factores de transcripción (e.g., factores de transcripción del tipo GATA) se encuentran expandidos (i.e., muchas copias de un factor de transcripción en el genoma), así como también importantes genes asociados a reproducción sexual en el genoma de esta especie. Estos análisis preliminares y la retroalimentación obtenida en la conferencia, lo han ayudado a direccionar los posteriores análisis asociados con el genoma de Lepidodermella squamata.

“La participación en esta conferencia me ha permitido establecer futuras redes de colaboración con investigadores de Estados Unidos y Europa. Además, me ha dado la oportunidad de participar en la iniciativa GIGA, la cual es parte del un proyecto mundial llamado Earth BioGenome Project (https://www.earthbiogenome.org/), el cual busca secuenciar todas las especies que habitan en el planeta Tierra. Espero en un futuro, poder participar de GIGA y Earth BioGenome Project a través de la secuenciación de genomas de invertebrados marinos chilenos, lo cual sería posible una vez que tenga terminado el genoma del primer erizo de mar chileno (Tetrapygus niger). Este proyecto genómico es parte de mi proyecto de PAI Inserción en la Academia”, señaló el Dr. Felipe Aguilera.